Ca ne va pas résoudre votre problème, mais sachez qu'il m'est arrivé d'avoir des unions en double, une avec les sexes corrects, l'autre avec les sexes inversés. C'est le logiciel genealogica graphica qui me les a détectées dans l'affichage des erreurs gedcom. Dans ancestrologie, c'est complètement transparent : une seule union s'affiche avec les sexes corrects. Par contre, dans l'onglet sa vie, on pouvait les voir. Il a suffit que je supprime l'union pour que l'autre apparaisse, et j'ai alors pu faire les corrections qui s'imposaient concernant les sexes.
J'ai une une dizaine de cas sur plusieurs milliers d'unions, donc impossible d'en déterminer la cause.