J'ai posé la même question il y a bien longtemps. Il m'a été répondu de repartir d'une base vide, puis de réimporter mes gedcom qui se retrouvent ainsi avec les 1, 2 et 3 dans l'ordre des imports.
Ce que j'ai fait, à ma plus grande satisfaction.
Evidemment, il est possible aussi de repartir de plusieurs bases vides ayant un nom différent, et de n'y mettre qu'un seul dossier dans chaque.