Bonjour,
Personnellement devant un tel cas (né de père inconnu, puis reconnu ensuite par le père) je procède ainsi :
L'enfant porte le nom du père (je le change si je trouve plus tard la reconnaissance par le père, souvent lors du mariage des parents)
Je valide "enfant naturel" dans la filiation.
Dans les notes relatives à la naissance je marque "déclaré sous le nom de ***, reconnu par le père par acte en date du *** à ***, ou bien reconnu et légitimé lors du mariage de ses parents