Je n'ai jamais trouvé non plus de programme auquel on pouvait faire confiance pour fusionner 2 généalogies.
Ce que j'utilise, et qui rejoint ce que propose Bernard, c'est une solution graphique : J'imprime ou je visualise 2 arbres graphiques obtenus avec Genealogica Grafica qu'il est possible de lancer 2 fois, et qui propose sur un même écran, texte et graphique associés par des liens (html).
Je fais ensuite une comparaison visuelle, un repérage des différences
Les modifications ou complémentations sont à faire à la main après cette préparation
Une fois une ascendance traitée, il faut reprendre les diférentes descendances qui en découlent.
C'est long, mais plus sûr que les fusions automatiques auxquelles je ne croie pas, il suffit de voir ce qu'est déjà la complexité de recherche des doublons dans une même généalogie